Heksadecylodimetyloamina trzeciorzędowa jest fungicydem przemysłowym. Fungicydy przemysłowe to preparaty stosowane w przemyśle do zabijania lub hamowania wzrostu mikroorganizmów i mają wiele zastosowań. Fungicydy na bazie czwartorzędowych soli amoniowych należą do najpowszechniej stosowanych fungicydów przemysłowych, jednak obecnie powszechnie stosowane fungicydy na bazie czwartorzędowych soli amoniowych charakteryzują się zazwyczaj małą masą cząsteczkową, pewną toksycznością fizjologiczną i działaniem drażniącym na skórę. Podczas stosowania migrują i rozpuszczają się, uwalniając się do otaczającego środowiska, co może powodować szkody dla organizmów i środowiska.

Surowce do produkcji wysokowydajnych środków wybielających, emulgatorów pestycydów, stymulatorów wzrostu roślin, kwasu α-naftalenooctowego, środków powierzchniowo czynnych, rozpuszczalników itp.; nośniki do drukowania i barwienia oraz nośniki ciepła dla włókien polichlorku winylu i poliestru; oraz do oznaczania liczby oktanowej i cetanowej oleju napędowego.